Mikäli haluat polttaa Arduino bootloaderin ATMEGA328 piirille, niin valitse Arduino IDE:ssä Burn Bootloader -> Arduino as ISP. Tätä ennen aseta piiri nollavoimakantaan tai johdota ISP6 liittimet kortilta toiselle Arduinolle. Lataa ohjelmoinnin suorittavalle Arduinolle esimerkkisketsi ArduinoISP.